Daniélou kwam daarbij met gedurfde gedachten. Volgens hem zijn de denkcategorieën van de kerkvaders en vooral hun allegorische en spirituele exegese uitermate geschikt  om het moderne historische en sociale aanvoelen te verwoorden en het evangelie ook in andere culturen te integreren. Zijn gedachten werden zeer kritisch ontvangen en kregen weinig bijval. Zelfs in de eigen kring van Fourvière was er de nodige scepsis.

Als hoogleraar in de geschiedenis van de christelijke oudheid aan het Institut Catholique in Parijs bleef hij sterk geïnteresseerd in  de ontmoeting van het christendom met het moderne denken. Of het nu oud of modern wijsgerig denken was, volgens hem kon en moest het ‘drager‘ zijn voor de reflectie op het geloof en voor de verkondiging daarvan. Hij bleef daarover zeer regelmatig publiceren en zijn aanvankelijk misschien wat snel neergeschreven gedachten kregen helderder en meer overtuigende contouren.

Zo kon het gebeuren dat Daniélou, ondanks de minder goede reputatie van de Nouvelle théologie in Rome, een van de officiële periti was op het Tweede Vaticaans Concilie. Algemeen is men ervan overtuigd dat zijn invloed op de definitieve tekst van de Constituties Dei verbum (over de openbaring) en Gaudium et spes (over de kerk in de wereld van deze tijd) groot is geweest. Met zijn oorspronkelijke theologie over de openbaring en zijn openheid voor het moderne denken en de wereld van de 20^e eeuw leverde hij een evenwichtige bijdrage bij het opstellen van deze teksten.

Na het Concilie kreeg die ontwikkeling een nieuwe wending. Zijn positie was toen niet alleen evenwichtig, maar hij werd  ook op kerkelijk terrein  steeds meer behoudend. In dat kader paste zowel zijn verheffing tot kardinaal in 1969 als zijn verkiezing tot lid van de Académie française in 1972.

Zie vooral: Bible et liturgie

                  Sacramentum futuri, études sur les origines de la typologie biblique

                  Essai sur le mystère de l’histoire

                  Approches du Christ (Église et temps present)