De oorsprong van het archief van de Vlaamse jezuïeten (Archivum Provinciae Belgicae Septentrionalis of ABSE) gaat terug tot de 19^de eeuw. Na de afschaffing van de jezuïetenorde in 1773 werd de Sociëteit in 1814 opnieuw door de paus erkend. Maar pas via de grondwet van 1830 kregen de jezuïeten terug de toestemming om zich te vestigen in België. In dezelfde periode werd het archief van de jezuïeten in België opgericht.

Toen de Belgische jezuïetenprovincie in 1935 gesplitst werd in een Vlaamse en Waalse provincie, werden er twee afzonderlijke archieven opgericht, respectievelijk het archief van de Vlaamse jezuïeten en het archief van de Waalse jezuïeten . Daarbij werd er afgesproken om het archief van het provincialaat van de vroegere Belgische jezuïetenprovincie te deponeren in het archief van de Vlaamse jezuïeten en de archieven van de lokale huizen, afhankelijk van de ligging, te bewaren in het archief van de Vlaamse of Waalse jezuïeten.

Het archief van de (Vlaamse) jezuïeten was van 1831 tot 1990 gehuisvest in de Gesù-residentie te Brussel. Daarna verhuisden de collecties naar hun huidige bewaarplaats in Heverlee.

Vanaf 16 oktober 2007 wordt het dagelijkse beheer van het ABSE voor een termijn van vier jaar waargenomen door het KADOC (Documentatie- en Onderzoekscentrum voor Religie, Cultuur en Samenleving). Tijdens deze fase zal de verhuis van de archiefcollectie van het ABSE, dat in bewaring wordt gegeven bij het KADOC, voorbereid worden.