Nicolas Alonso Perez zag het levenslicht in het jaar
1508 in
het Castiliaanse dorpje Bobadilla del Camino. Zijn ouders lieten hem vanaf zijn negende levensjaar met de studie van de grammatica, de retoriek en de logica beginnen. Dit bracht hem naar Valladolid. Later verhuist hij om zijn studies van de artes af te ronden naar Alcalá. Daar zet hij zijn eerste stappen in de theologie. Om die studies voort te zetten keert hij terug naar Valladolid, waar hij op zijn 20ste de artes doceert in publieke scholen. Hij droomt echter van verder studeren. Zijn blik richt zich naar Parijs. In 1533 schrijft hij er zich in aan een collegium trilingue om er de Bijbelse talen te bestuderen.
In de eerste weken van 1534 ontmoet hij Ignatius van Loyola. Hij is dan 25 jaar oud. Voor Bobadilla had het een opmerkelijke verandering tot gevolg. Op aanraden van Ignatius liet hij de Bijbelse studiemiddens, die besmet waren met het Lutherse gedachtegoed, vallen en hij legde zich toe op de scholastieke en positieve theologie. Hij sloot zich bovendien aan bij het groepje vrienden rond Ignatius. In chronologische volgorde is Bobadilla de zevende in dit vriendengroepje. Hij doet de Geestelijke Oefeningen bij Ignatius en is er bij als ze op 15 augustus hun geloften afleggen in Montmartre, nauwelijks 7 à 8 maanden na zijn eerste ontmoeting met Ignatius.
Impulsieve en snelle beslissingen, ze typeren Bobadilla, naast een grote trouw tegenover de Kerk. Trouw ook aan de eigen idealen, en trouw aan zijn toebehoren aan het oorspronkelijke vriendengroepje, maar wars van alle rompslomp en keurslijven die hem in zijn apostolische élan konden hinderen. Vanaf 1539 zien we een Bobadilla die op geregelde tijdstippen dwars gaat liggen in materies die de formele en constitutionele uitbouw van de jonge Orde aangaan. In 1557, kort na de dood van Ignatius veroorzaakt zijn felle constitutionele oppositie welhaast de ondergang van de jonge Orde. Dit feit sloeg blijvende wonden in de jonge Orde en het heeft het ongenuanceerde beeld van de onmogelijke Bobadilla voor eeuwen vastgelegd.
In werkelijkheid was het een man die moeite had met eigen zwakheden of mislukkingen, en die nauwelijks de sterkte en de kracht van de anderen of van instituten kon verdragen en ze aldus bikkelhard bekritiseerde. In tegenstelling tot wat men soms bij dergelijke temperamenten zou verwachten, ontbeerden Bobadilla’s oordelen nooit waarheidsgrond, want hij had een sterke analytische geest en een hoge intelligentie. Ignatius en Laynez hadden het moeilijk met zijn kritiek, maar konden het verdragen. Jerónimo Nadal daarentegen heeft Bobadilla nooit begrepen noch verdragen. In het conflict van 1557 zou Nadal dan ook in Bobadilla een meedogenloos tegenstander ontmoeten.
Bobadilla kende na een verloren conflict geen rancune; kennelijk vergat hij alles zo snel mogelijk. Bobadilla ging gewoon naar nieuwe horizonten met groot apostolisch élan. Hij werd vooral ingezet om de kerkhervorming (Trente) uit te voeren. Delicate diplomatieke (politieke en kerkelijke) missies werden hem ook toevertrouwd en dank zij zijn gedreven overredingskracht tot een goed einde gebracht. Hij stond ook aan de wieg van het college van Napels. Vaak kreeg hij zijn zendingen rechtstreeks van de paus; zo opereerde hij soms zelfs als inquisiteur. Hij werd zelfs privé adviseur van Paulus IV (Caraffa) met wie hij een jarenlange vriendschap onderhield. Hij werkte uitsluitend in Italië, met uitzondering van een weinig succesvolle missie in Duitsland (hij werd door de keizer verbannen, omdat hij te ongezouten zijn mening te kennen gaf over diens beleid…!).
Bobadilla sterft op 23 september 1590 in Loreto (Italië). Hij overleefde alle gezellen van de eerste generatie, inbegrepen velen van zijn vijanden zoals Nadal en Polanco. Alleen Ribadeneyra (+1611) overleefde hem.
