Hij werd geboren in de Spaanse stad Segovia in de dertiger jaren van de 16e eeuw. Hij heeft enige tijd aan het jezuïetencollege van Alcalá gestudeerd. Maar toen zijn vader stierf, werd hij naar huis teruggeroepen om diens stoffenhandel over te nemen. In 1557 trouwde hij. Het echtpaar kreeg twee zoons en een dochter. Eerst ging zijn bedrijf failliet en vervolgens kwamen kort na elkaar zijn dochtertje, zijn vrouw, zijn twee jongens en zijn moeder te overlijden. Toen had hij alleen nog zijn geloof om zich aan vast te klampen. Hij was achtendertig jaar en net als Sint Paulus destijds stelde hij de vraag: 'Heer wat wilt Gij dat ik doe?'

Op 31 januari 1571 trad hij te Valencia in bij de jezuïeten als lekenbroeder. Hij werd gezonden naar het college Montesion te Palma de Mallorca. Hij arriveerde er op 10 augustus van hetzelfde jaar en zou ruim vijfenveertig jaar onafgebroken de functie van broederportier vervullen.

Hij was een man van gebed, grote eenvoud en diepe vroomheid. Velen kwamen hem opzoeken om goede raad van hem te ontvangen. Een van hen was de priesterstudent Pedro Claver. Als voormalig handelsman wist hij te vertellen dat er in de Nieuwe Wereld vreselijke dingen gebeurden. Vanuit Afrika werden door Spanjaarden, Portugezen, Hollanders en Engelsen negers naar Zuid-Amerika overgebracht, om daar voor goudgeld op de markt verkocht te worden. Ze werden in de goud- en zilvermijnen te werk gesteld en stierven als ratten. "Het goud en zilver waar onze kerken en paleizen mee zijn versierd, kost duizenden mensenlevens, en er schijnt niemand te zijn die zich om die arme mensen bekommert", zo besloot broeder Alfonso. Van dat ogenblik af, stond het voor Pedro vast dat hij daar naartoe wilde. Pedro zou uitgroeien tot de Apostel van de negerslaven.

Broeder Alfonsus werd in 1888 door paus Leo XIII (+ 1903) heilig verklaard.

Op afbeeldingen ziet men hem altijd in gebed, vaak met een rozenkrans.