Hij was afkomstig uit de Franse landstreek Anjou. Over zijn geboortejaar zijn de bronnen niet zeker: genoemd worden 1606, 1607 en 1608. Hij was te Parijs ingetreden bij de jezuïeten, maar moest om gezondheidsredenen de orde weer verlaten. In zijn hart bleef hij jezuïet. In 1639 bood hij zichzelf aan als ‘donné’, een leek die geheel volgens de regel van de Orde leefde, maar geen jezuïet was. Hij kreeg toestemming om naar Nieuw-Frankrijk te gaan (= nagenoeg het huidige  Noord-Amerikaanse continent). Omdat hij intussen medicijnen had gestudeerd, werd hij in het ziekenhuisje van Québec te werk gesteld. Zijn hart verlangde naar meer.

Die mogelijkheid kwam, toen in het voorjaar van 1642 pater Jogues kwam vragen om medebroeders voor het vele en vaak moeizame bekeringswerk onder de indianen. Maar er waren op dat moment geen jezuïeten beschikbaar. Onmiddellijk meldde zich René aan. Pater Jogues accepteerde hem met vreugde: hij zou van groot nut kunnen zijn bij het bestrijden van de besmettelijke ziektes die herhaaldelijk de inlanders teisterden.

Pas veel later zou men beseffen dat het juist de Europeanen waren die hen besmetten met ziektekiemen, waartegen zij, Indianen, nog niet bestand waren en de Europeanen wel.

Op weg naar de jezuïetenstatie van Ste-Marie werd de expeditie overvallen door de Mohawk-Indianen. Een van de Fransen van het gezelschap werd gedood. Toen pater Jogues en René Goupil te hulp schoten, werden hun de nagels van de vingers gebeten en de vingertoppen afgekloven. Vervolgens werden ze meegenomen naar Ossernenon (= het huisdige Auriesville, New York), de thuisbasis van de Mohawks. Onderweg vroeg René Goupil aan pater Jogues hem alsnog in de  jezuïetenorde op te nemen. Hij kende de gelofteformule nog uit het hoofd van de tijd dat hij zich daarop had voorbereid in Parijs. En zo legde hij in de kajak zijn geloften af in de verminkte handen van pater Jogues.

Bij aankomst in Ossernenon werden ze tot op het blote lijf uitgekleed en moesten ze spitsroede lopen tussen de Mohawks die met stokken stonden opgesteld, en hen probeerden te slaan waar ze maar konden. Daarna werden ze op een schavot opgesteld en mocht iedereen met stenen en stukken hout naar hen gooien. Na afloop moest pater Jogues de foltering ondergaan van een vrouw die hem de linkerduim afsneed met een botte schelp. Daarna werden ze overgebracht naar de gemeenschapstent en naakt op de grond uitgestrekt, zodat de kinderen gloeiend houtskool op hun blote lijf konden laten vallen. Uiteindelijk werden ze als slaven toegewezen aan het stamhoofd en moesten ze vrouwenwerk opknappen, zoals werken op het land, water halen en hout sprokkelen. Dit alles tot vermaak van de dorpsgenoten.

Op een goed moment was een van de kinderen in de grote tent ziek. Spontaan maakte René Goupil een kruistekentje over het kind. Twee strijders zagen het. Zij waren door een oude tovenaar gewaarschuwd dat dat teken juist dood en verderf zaaide. Frater René besefte dat hij in gevaar was, en vluchtte het bos in, naar de plek waarvan hij wist dat pater Jogues er regelmatig ging bidden. Hij bekende wat hij gedaan had, waarop zij samen de rozenkrans begonnen te bidden. Op hetzelfde moment kwamen de twee strijders eraan. De één dwong René op zijn knieën, waarop de ander hem met één houw het hoofd afsloeg: het was 29 september 1642. Zo werd hij de eerste martelaar van de Noord-Amerikaanse staat New York.

Hij werd samen met de zeven andere Canadese jezuïetenmartelaren op 21 juni 1925 door paus Pius XI zalig en op 29 juni 1930 heilig verklaard.